Tras el Mundial sub-20 de 2001, y con tan sólo 19 años, fichó por el F. C. Barcelona, que pagó por él 35,90 millones de euros. A pesar de que jugó a muy buen nivel durante sus tres primeras temporadas en el F. C. Barcelona, en verano de 2004, fue cedido por una temporada al A.S. Mónaco, con el que disputó la Liga francesa de fútbol y la Liga de Campeones de la UEFA en la temporada 2004-2005.
Tras volver del Principado, fue cedido al Sevilla Fútbol Club para la temporada 2005-2006, con el que obtuvo el título de la Copa de la UEFA 2006. Siendo el máximo goleador del equipo sevillano.
En julio de 2006 volvió a entrenar con el Barcelona, a pesar de que su entrenador Frank Rijkaard dijo que no figuraba en sus planes. En los partidos de pretemporada 2006-07, Saviola hizo tres goles para el Barça. Pero al principio de la temporada, después de la lesión de Eto’o, Rijkaard volvió a confiar en él para luego relegarlo al banquillo tras la recuperación del camerunés.