COCU

En el Camp Nou, Cocu se encontró con sus compatriotas neerlandeses empezando por el técnico de ese entonces, Louis van Gaal, Michael Reiziger, Frank de Boer, Patrick Kluivert, Boudewijn Zenden, Ronald de Boer y Winston Bogarde. Formando un mediocampo con Luís Figo y Pep Guardiola, Cocu jugó 36 partidos de liga y anotó 12 goles, contribuyendo a ganar el título de Liga en 1999. En marzo, Cocu contra la Real Sociedad marco por duplicado de goles (2-0). En su segunda temporada, el equipo terminó segundo en la Liga detrás de Deportivo de La Coruña. Cocu anotó seis goles de la liga, incluyendo dos contra Real Oviedo (una victoria 3-2) y dos contra el Athletic de Bilbao (triunfo por 0-4). Esa temporada Barcelona llegó a las semifinales de Liga de Campeones 1999-00, donde fueron eliminados por el Valencia. Cocu anotó un gol para descontar el marcador. En el año 2000, Van Gaal dejó el equipo, fue sucedido por Lorenzo Serra Ferrer y Carles Rexach. Pero en las siguientes dos temporadas, las actuaciones de equipo disminuyeron aún más con Barcelona dos veces terminando cuarto en la liga.

En 2001, Pep Guardiola dejó el F. C. Barcelona, dejando a centrocampistas como Xavi o Gabri. En la temporada 2001–02, el Barcelona alcanzó las semifinales de la Liga de Campeones otra vez, pero quedaron eliminados por el Real Madrid. En 2002, regresó el entrenador Louis van Gaal, quien eligió a Cocu como segundo capitán detrás de Luis Enrique. La temporada 2002-03 fue para el F. C. Barcelona la peor en años. Sin embargo el equipo finalizó sexto en la Liga. Van Gaal fue destituido desde el principio de la siguiente temporada y Cocu sufrió un desgarró en el ligamento de la rodilla en un partido de Liga de Campeones contra el Inter de Milán que acabó (0-0). Estuvo fuera de las canchas durante dos meses. Con su contrato que expiraba en 2003, esperó hasta después de las elecciones presidenciales del F. C. Barcelona para tomar una decisión en la extensión. Cocu pretendía unirse al PSV si las negociaciones con el Barcelona no se daban, pero finalmente acordaron una prórroga de un año en junio de 2003.

La temporada 2003-04 comenzó con el nuevo entrenador Frank Rijkaard. Cocu anotó el primer gol del Barcelona en liga, y este fue decisivo para vencer al Athletic de Bilbao por un marcador de 0-1. Jugó un total de 36 partidos de Liga y también ejerció como capitán del equipo. El F. C. Barcelona terminó segundo en La Liga. A principios de 2004 el Barça anunció que no renovaría el contrato de Cocu. No llegaron a un acuerdo ya que el jugador no aceptó una oferta para reducir su sueldo significativamente. Cocu se fue decepcionado por la decisión del club, pero volvió al PSV, cuya oferta de volver al equipo seguía estando vigente. Antes de su partida recibió una placa por su lealtad hacia el club por el presidente Joan Laporta.