Emmanuel Amunike fue comprado por el F. C. Barcelona por $3.600.000 (casi 3.000.000 €) durante la temporada 1996/97, por deseo del entonces entrenador blaugrana Bobby Robson, su participación fue importante para conquistar la Copa del Rey y la Recopa de Europa. En la siguiente temporada con Louis van Gaal como entrenador del Barcelona ganó la Liga Española, la Copa del Rey y Supercopa de Europa pero no pudo terminar la temporada por una grave lesión.
La temporada 1997-98 el Barcelona ganó la Liga Española, pero el nigeriano se perdió toda la temporada al estar lesionado, sus problemas de rodilla lo apartaron del Mundial de futbol de 1998. Jugó su último partido oficial con el Barcelona en la final de la Copa Cataluña que ganó el Barça en 2000.